Сын Маргарыты Пармскай (незаконнанароджаная дачка імператара Карла V) і пармскага герцага Атавіа Фарнезэ (унук Папы Паўла III). З 1556 па 1559 знаходзіўся пры сваім дзядзьку Філіпэ II у Бруселі, затым выхоўваўся пры мадрыдскім двары, у 1565—1571 гг. жыў з маці ў Нідэрландах, дзе яна была кіраўніцай. У маладосці насіў тытул герцага Кастра. У 20 гадоў ажаніўся з партугальскай інфантай Марыяй, унучкай Мануэла I, аднак бачыў яе вельмі рэдка, прысвячаючы большую частку часу баявым забавам, скокам і паляванню.

У 1571 годзе Фарнезэ прыняў удзел у баявых дзеяннях Свяшчэннай лігі супраць турак, выдатна праявіўшы сябе ў марской бітве пры Лепанта. Яго дзядзька Хуан Аўстрыйскі застаўся настолькі задаволены дзеяннямі Алесандра, што выклікаў яго да сябе ў Нідэрланды, як толькі атрымаў прызначэнне намеснікам гэтай найбагацейшай, але неспакойнай правінцыі. У 1578 годзе ён нанёс паражэнне паўстанцам у бітве пры Жамблу і вельмі жорстка расправіўся з непакорлівымі.

1 кастрычніка 1578 года дон Хуан сканаў (хоць і быў маладзей Алесандра на два гады), і той адразу ж заняў яго месца ў якасці іспанскага намесніка Нідэрландаў. Перш за ўсё ён правёў выразную мяжу паміж Утрэхцкай уніяй, якая аб'ядноўвала пратэстанцкія правінцыі на чале з Вільгельмам Аранскім, і тымі правінцыямі, у якіх большасць насельніцтва складалі каталікі. З першымі ён быў гатовы весці вайну да канца, з другімі — шукаць кампраміс.

Гэта палітыка прынесла першыя плады ўжо ў маі 1579 года, калі Фарнезэ аднавіў мір у паўднёвых правінцыях, падпісаўшы з імі Араскі дагавор, паводле якого ён абавязаўся на працягу шасці месяцаў вывесці з Фландрыі іншаземныя войскі. У той жа час ён падарваў пазіцыі Утрэхцкай лігі, аблажыўшы Маастрыхт і адваяваўшы яго ў паўстанцаў (29 мая 1579 года). Усё гэта было дасягнута насуперак раптоўнай хваробе і ўгаворам яго ўласнай маці.

З прычыны добраахвотнай адмовы ад іспанскіх і італьянскіх падмацаванняў войска Фарнезэ складалася з 15 тысяч спехам навучаных фламандцаў, якія былі вымушаны супрацьстаяць сваім жа субратам з поўначы. У гэтых умовах вайскавод мудра пазбягаў зацяжных аблог і знясільваючых манеўраў, імкнучыся як мага хутчэй уступаць у перамовы з непрыяцелем. Гэта дазволіла яму ў лістападзе 1581 гады авалодаць Турнэ, а ўслед за тым і шэрагам іншых умацаваных пунктаў.

Заручыўшыся даверам паўднёвых правінцый, Фарнезэ ўгаварыў іх прадстаўнікоў пагадзіцца на вяртанне ў Нідэрланды іспанскіх і італьянскіх салдатаў. Гэта дазволіла яму павялічыць сваю армію да 60 тыс. чал., з тым каб пад канец 1582 гады перайсці ў наступ супраць Вільгельма Аранскага. Да сярэдзіны 1583 года ў яго руках апынуліся Дыст і Вестэрло, праз якія праходзіла дарога з Бруселя на Антверпен. Калі б яму ўдалося захапіць Зютфен, галандскія правінцыі былі б акружаны з усіх бакоў, тым больш што асобныя прыморскія гарады ўжо пачалі пераходзіць на бок іспанцаў.

У першай палове 1584 года Фарнезэ ўдалося адрэзаць мяцежны Антверпен з мора. Старадаўнія гандлёвыя цэнтры накшталт Бругэ і Іпра адразу пайшлі на міравую, а аблога Антверпена працягвалася на працягу 13 месяцаў і стала адной з самых знакамітых у ваеннай гісторыі. 17 жніўня 1585 года самы багаты горад Еўропы капітуляваў. За год да гэтага быў забіты галоўны праціўнік Фарнезэ — Вільгельм Аранскі, што, відавочна, мае дачыненне да паспяховага зыходу аблогі, тым больш што Вільгельм нідзе не здолеў праявіць свае вайскаводніцкія здольнасці. Да моманту свайго ўзыходжання на пармскі прастол у 1586 годзе пад начальствам Фарнезэ знаходзілася шырокая тэрыторыя, якія пазней атрымалі самастойнае палітычнае існаванне пад імем Бельгіі.

Удачлівы вайскавод вырашыў не вяртацца ў Італію да таго часу, пакуль не будзе скончана ўціхамірванне паўночных правінцый (тым больш, што яго жаданне ў даным пытанні не мела ніякага значэння, паколькі ён быў дакладным слугой Філіпа II). Гэтым планам не наканавана было ажыццявіцца, паколькі Філіп II увязаўся ў вайну з Англіяй і загадаў Фарнезэ рыхтавацца да пераправы праз Ла-Манш. Бясслаўны канец Непераможнай армады не мог не адбіцца на прэстыжы іспанскага намесніка ў Нідэрландах. Ён быў паранены пры Кодэбеку, цяжка захварэў і быў вывезены на воды ў гарадок Спа, дзе неўзабаве сканаў. У яго адсутнасць іспанцы панеслі шэраг паражэнняў ад Морыца Аранскага, і кароль ужо рыхтаваўся зняць яго з пасады, калі атрымаў вестку пра смерць свайго лепшага вайскавода.