Why model.fit_generator in keras is taking so much time even before picking the data? Announcing the arrival of Valued Associate #679: Cesar Manara Planned maintenance scheduled April 17/18, 2019 at 00:00UTC (8:00pm US/Eastern) 2019 Moderator Election Q&A - Questionnaire 2019 Community Moderator Election ResultsKeras val_acc unchanging when training (same label assigned to all images)Keras - Why Validation data produce good results, while unseen data is performing poorlyReformatting data for future time series prediction LSTM(Keras)How to change the pooling to adaptpooling before FC layer in the Inception-ResnetV2 model in kerasWhy running the same code on the same data gives a different result every time?Understanding Timestamps and Batchsize of Keras LSTM considering Hiddenstates and TBPTTWhy does my Keras model learn to recognize the background?Why is my Keras model not learning image segmentation?LSTM Multi-state forecastFiltering data before passing through LSTM then returning the filtered data back into the results

Single word antonym of "flightless"

How to find all the available tools in mac terminal?

How to tell that you are a giant?

Why didn't this character "real die" when they blew their stack out in Altered Carbon?

Can I cast Passwall to drop an enemy into a 20-foot pit?

What does an IRS interview request entail when called in to verify expenses for a sole proprietor small business?

3 doors, three guards, one stone

When a candle burns, why does the top of wick glow if bottom of flame is hottest?

What does "fit" mean in this sentence?

List of Python versions

How does the particle を relate to the verb 行く in the structure「A を + B に行く」?

Is it true that "carbohydrates are of no use for the basal metabolic need"?

Can a non-EU citizen traveling with me come with me through the EU passport line?

Short Story with Cinderella as a Voo-doo Witch

How to answer "Have you ever been terminated?"

Is it ethical to give a final exam after the professor has quit before teaching the remaining chapters of the course?

What does the "x" in "x86" represent?

Do I really need recursive chmod to restrict access to a folder?

What is Arya's weapon design?

Why aren't air breathing engines used as small first stages

Why do people hide their license plates in the EU?

Coloring maths inside a tcolorbox

What's the purpose of writing one's academic biography in the third person?

What is the logic behind the Maharil's explanation of why we don't say שעשה ניסים on Pesach?



Why model.fit_generator in keras is taking so much time even before picking the data?



Announcing the arrival of Valued Associate #679: Cesar Manara
Planned maintenance scheduled April 17/18, 2019 at 00:00UTC (8:00pm US/Eastern)
2019 Moderator Election Q&A - Questionnaire
2019 Community Moderator Election ResultsKeras val_acc unchanging when training (same label assigned to all images)Keras - Why Validation data produce good results, while unseen data is performing poorlyReformatting data for future time series prediction LSTM(Keras)How to change the pooling to adaptpooling before FC layer in the Inception-ResnetV2 model in kerasWhy running the same code on the same data gives a different result every time?Understanding Timestamps and Batchsize of Keras LSTM considering Hiddenstates and TBPTTWhy does my Keras model learn to recognize the background?Why is my Keras model not learning image segmentation?LSTM Multi-state forecastFiltering data before passing through LSTM then returning the filtered data back into the results










1












$begingroup$


In Keras, I am training a model as in below



model.fit_generator(data_generator(),
samples_per_epoch = count,
validation_data=(x_val, y_val),
nb_epoch=50,
callbacks=getCallBacks(),
verbose=1)


In data_generator function, I am printing few debugging statements.



On running above fit_generator function, it takes really long time to print what I had put in the data_generator().



Is there any series of steps which keras takes before picking out the data batch for the training which makes the process so slow or there is some other caveat?










share|improve this question









$endgroup$




bumped to the homepage by Community 22 mins ago


This question has answers that may be good or bad; the system has marked it active so that they can be reviewed.














  • $begingroup$
    Did you put a debug statement at the top of your fit_generator function?
    $endgroup$
    – Imran
    Dec 17 '18 at 21:48















1












$begingroup$


In Keras, I am training a model as in below



model.fit_generator(data_generator(),
samples_per_epoch = count,
validation_data=(x_val, y_val),
nb_epoch=50,
callbacks=getCallBacks(),
verbose=1)


In data_generator function, I am printing few debugging statements.



On running above fit_generator function, it takes really long time to print what I had put in the data_generator().



Is there any series of steps which keras takes before picking out the data batch for the training which makes the process so slow or there is some other caveat?










share|improve this question









$endgroup$




bumped to the homepage by Community 22 mins ago


This question has answers that may be good or bad; the system has marked it active so that they can be reviewed.














  • $begingroup$
    Did you put a debug statement at the top of your fit_generator function?
    $endgroup$
    – Imran
    Dec 17 '18 at 21:48













1












1








1





$begingroup$


In Keras, I am training a model as in below



model.fit_generator(data_generator(),
samples_per_epoch = count,
validation_data=(x_val, y_val),
nb_epoch=50,
callbacks=getCallBacks(),
verbose=1)


In data_generator function, I am printing few debugging statements.



On running above fit_generator function, it takes really long time to print what I had put in the data_generator().



Is there any series of steps which keras takes before picking out the data batch for the training which makes the process so slow or there is some other caveat?










share|improve this question









$endgroup$




In Keras, I am training a model as in below



model.fit_generator(data_generator(),
samples_per_epoch = count,
validation_data=(x_val, y_val),
nb_epoch=50,
callbacks=getCallBacks(),
verbose=1)


In data_generator function, I am printing few debugging statements.



On running above fit_generator function, it takes really long time to print what I had put in the data_generator().



Is there any series of steps which keras takes before picking out the data batch for the training which makes the process so slow or there is some other caveat?







keras






share|improve this question













share|improve this question











share|improve this question




share|improve this question










asked Jun 19 '18 at 9:23









Divyanshu ShekharDivyanshu Shekhar

184113




184113





bumped to the homepage by Community 22 mins ago


This question has answers that may be good or bad; the system has marked it active so that they can be reviewed.







bumped to the homepage by Community 22 mins ago


This question has answers that may be good or bad; the system has marked it active so that they can be reviewed.













  • $begingroup$
    Did you put a debug statement at the top of your fit_generator function?
    $endgroup$
    – Imran
    Dec 17 '18 at 21:48
















  • $begingroup$
    Did you put a debug statement at the top of your fit_generator function?
    $endgroup$
    – Imran
    Dec 17 '18 at 21:48















$begingroup$
Did you put a debug statement at the top of your fit_generator function?
$endgroup$
– Imran
Dec 17 '18 at 21:48




$begingroup$
Did you put a debug statement at the top of your fit_generator function?
$endgroup$
– Imran
Dec 17 '18 at 21:48










1 Answer
1






active

oldest

votes


















0












$begingroup$

I have noticed this when training on one or more GPUs. I think it is due to Tensorflow having to acquire the resources (in the background it blocks the entire GPU memory). Perhaps some amount of data e.g. the first batch is copied over to the GPU.



I didn't find a way to reduce the waiting time dramatically, but you could try the tensorflow options to allocate less memory and allow memory growth as required. Check out the official docs and this issue for the Keras version.



Here is the latest recommendation form that issue: setting Tensorflow options befor eimporting Keras.



-------------------------- set gpu using tf ---------------------------
import tensorflow as tf
config = tf.ConfigProto()
config.gpu_options.allow_growth = True
session = tf.Session(config=config)
------------------- start importing keras module ---------------------
import keras.backend.tensorflow_backend as K
import keras......





share|improve this answer









$endgroup$













    Your Answer








    StackExchange.ready(function()
    var channelOptions =
    tags: "".split(" "),
    id: "557"
    ;
    initTagRenderer("".split(" "), "".split(" "), channelOptions);

    StackExchange.using("externalEditor", function()
    // Have to fire editor after snippets, if snippets enabled
    if (StackExchange.settings.snippets.snippetsEnabled)
    StackExchange.using("snippets", function()
    createEditor();
    );

    else
    createEditor();

    );

    function createEditor()
    StackExchange.prepareEditor(
    heartbeatType: 'answer',
    autoActivateHeartbeat: false,
    convertImagesToLinks: false,
    noModals: true,
    showLowRepImageUploadWarning: true,
    reputationToPostImages: null,
    bindNavPrevention: true,
    postfix: "",
    imageUploader:
    brandingHtml: "Powered by u003ca class="icon-imgur-white" href="https://imgur.com/"u003eu003c/au003e",
    contentPolicyHtml: "User contributions licensed under u003ca href="https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/"u003ecc by-sa 3.0 with attribution requiredu003c/au003e u003ca href="https://stackoverflow.com/legal/content-policy"u003e(content policy)u003c/au003e",
    allowUrls: true
    ,
    onDemand: true,
    discardSelector: ".discard-answer"
    ,immediatelyShowMarkdownHelp:true
    );



    );













    draft saved

    draft discarded


















    StackExchange.ready(
    function ()
    StackExchange.openid.initPostLogin('.new-post-login', 'https%3a%2f%2fdatascience.stackexchange.com%2fquestions%2f33364%2fwhy-model-fit-generator-in-keras-is-taking-so-much-time-even-before-picking-the%23new-answer', 'question_page');

    );

    Post as a guest















    Required, but never shown

























    1 Answer
    1






    active

    oldest

    votes








    1 Answer
    1






    active

    oldest

    votes









    active

    oldest

    votes






    active

    oldest

    votes









    0












    $begingroup$

    I have noticed this when training on one or more GPUs. I think it is due to Tensorflow having to acquire the resources (in the background it blocks the entire GPU memory). Perhaps some amount of data e.g. the first batch is copied over to the GPU.



    I didn't find a way to reduce the waiting time dramatically, but you could try the tensorflow options to allocate less memory and allow memory growth as required. Check out the official docs and this issue for the Keras version.



    Here is the latest recommendation form that issue: setting Tensorflow options befor eimporting Keras.



    -------------------------- set gpu using tf ---------------------------
    import tensorflow as tf
    config = tf.ConfigProto()
    config.gpu_options.allow_growth = True
    session = tf.Session(config=config)
    ------------------- start importing keras module ---------------------
    import keras.backend.tensorflow_backend as K
    import keras......





    share|improve this answer









    $endgroup$

















      0












      $begingroup$

      I have noticed this when training on one or more GPUs. I think it is due to Tensorflow having to acquire the resources (in the background it blocks the entire GPU memory). Perhaps some amount of data e.g. the first batch is copied over to the GPU.



      I didn't find a way to reduce the waiting time dramatically, but you could try the tensorflow options to allocate less memory and allow memory growth as required. Check out the official docs and this issue for the Keras version.



      Here is the latest recommendation form that issue: setting Tensorflow options befor eimporting Keras.



      -------------------------- set gpu using tf ---------------------------
      import tensorflow as tf
      config = tf.ConfigProto()
      config.gpu_options.allow_growth = True
      session = tf.Session(config=config)
      ------------------- start importing keras module ---------------------
      import keras.backend.tensorflow_backend as K
      import keras......





      share|improve this answer









      $endgroup$















        0












        0








        0





        $begingroup$

        I have noticed this when training on one or more GPUs. I think it is due to Tensorflow having to acquire the resources (in the background it blocks the entire GPU memory). Perhaps some amount of data e.g. the first batch is copied over to the GPU.



        I didn't find a way to reduce the waiting time dramatically, but you could try the tensorflow options to allocate less memory and allow memory growth as required. Check out the official docs and this issue for the Keras version.



        Here is the latest recommendation form that issue: setting Tensorflow options befor eimporting Keras.



        -------------------------- set gpu using tf ---------------------------
        import tensorflow as tf
        config = tf.ConfigProto()
        config.gpu_options.allow_growth = True
        session = tf.Session(config=config)
        ------------------- start importing keras module ---------------------
        import keras.backend.tensorflow_backend as K
        import keras......





        share|improve this answer









        $endgroup$



        I have noticed this when training on one or more GPUs. I think it is due to Tensorflow having to acquire the resources (in the background it blocks the entire GPU memory). Perhaps some amount of data e.g. the first batch is copied over to the GPU.



        I didn't find a way to reduce the waiting time dramatically, but you could try the tensorflow options to allocate less memory and allow memory growth as required. Check out the official docs and this issue for the Keras version.



        Here is the latest recommendation form that issue: setting Tensorflow options befor eimporting Keras.



        -------------------------- set gpu using tf ---------------------------
        import tensorflow as tf
        config = tf.ConfigProto()
        config.gpu_options.allow_growth = True
        session = tf.Session(config=config)
        ------------------- start importing keras module ---------------------
        import keras.backend.tensorflow_backend as K
        import keras......






        share|improve this answer












        share|improve this answer



        share|improve this answer










        answered Jun 19 '18 at 10:16









        n1k31t4n1k31t4

        6,5512421




        6,5512421



























            draft saved

            draft discarded
















































            Thanks for contributing an answer to Data Science Stack Exchange!


            • Please be sure to answer the question. Provide details and share your research!

            But avoid


            • Asking for help, clarification, or responding to other answers.

            • Making statements based on opinion; back them up with references or personal experience.

            Use MathJax to format equations. MathJax reference.


            To learn more, see our tips on writing great answers.




            draft saved


            draft discarded














            StackExchange.ready(
            function ()
            StackExchange.openid.initPostLogin('.new-post-login', 'https%3a%2f%2fdatascience.stackexchange.com%2fquestions%2f33364%2fwhy-model-fit-generator-in-keras-is-taking-so-much-time-even-before-picking-the%23new-answer', 'question_page');

            );

            Post as a guest















            Required, but never shown





















































            Required, but never shown














            Required, but never shown












            Required, but never shown







            Required, but never shown

































            Required, but never shown














            Required, but never shown












            Required, but never shown







            Required, but never shown







            Popular posts from this blog

            Францішак Багушэвіч Змест Сям'я | Біяграфія | Творчасць | Мова Багушэвіча | Ацэнкі дзейнасці | Цікавыя факты | Спадчына | Выбраная бібліяграфія | Ушанаванне памяці | У філатэліі | Зноскі | Літаратура | Спасылкі | НавігацыяЛяхоўскі У. Рупіўся дзеля Бога і людзей: Жыццёвы шлях Лявона Вітан-Дубейкаўскага // Вольскі і Памідораў з песняй пра немца Адвакат, паэт, народны заступнік Ашмянскі веснікВ Минске появится площадь Богушевича и улица Сырокомли, Белорусская деловая газета, 19 июля 2001 г.Айцец беларускай нацыянальнай ідэі паўстаў у бронзе Сяргей Аляксандравіч Адашкевіч (1918, Мінск). 80-я гады. Бюст «Францішак Багушэвіч».Яўген Мікалаевіч Ціхановіч. «Партрэт Францішка Багушэвіча»Мікола Мікалаевіч Купава. «Партрэт зачынальніка новай беларускай літаратуры Францішка Багушэвіча»Уладзімір Іванавіч Мелехаў. На помніку «Змагарам за родную мову» Барэльеф «Францішак Багушэвіч»Памяць пра Багушэвіча на Віленшчыне Страчаная сталіца. Беларускія шыльды на вуліцах Вільні«Krynica». Ideologia i przywódcy białoruskiego katolicyzmuФранцішак БагушэвічТворы на knihi.comТворы Францішка Багушэвіча на bellib.byСодаль Уладзімір. Францішак Багушэвіч на Лідчыне;Луцкевіч Антон. Жыцьцё і творчасьць Фр. Багушэвіча ў успамінах ягоных сучасьнікаў // Запісы Беларускага Навуковага таварыства. Вільня, 1938. Сшытак 1. С. 16-34.Большая российская1188761710000 0000 5537 633Xn9209310021619551927869394п

            Беларусь Змест Назва Гісторыя Геаграфія Сімволіка Дзяржаўны лад Палітычныя партыі Міжнароднае становішча і знешняя палітыка Адміністрацыйны падзел Насельніцтва Эканоміка Культура і грамадства Сацыяльная сфера Узброеныя сілы Заўвагі Літаратура Спасылкі НавігацыяHGЯOiТоп-2011 г. (па версіі ej.by)Топ-2013 г. (па версіі ej.by)Топ-2016 г. (па версіі ej.by)Топ-2017 г. (па версіі ej.by)Нацыянальны статыстычны камітэт Рэспублікі БеларусьШчыльнасць насельніцтва па краінахhttp://naviny.by/rubrics/society/2011/09/16/ic_articles_116_175144/А. Калечыц, У. Ксяндзоў. Спробы засялення краю неандэртальскім чалавекам.І ў Менску былі мамантыА. Калечыц, У. Ксяндзоў. Старажытны каменны век (палеаліт). Першапачатковае засяленне тэрыторыіГ. Штыхаў. Балты і славяне ў VI—VIII стст.М. Клімаў. Полацкае княства ў IX—XI стст.Г. Штыхаў, В. Ляўко. Палітычная гісторыя Полацкай зямліГ. Штыхаў. Дзяржаўны лад у землях-княствахГ. Штыхаў. Дзяржаўны лад у землях-княствахБеларускія землі ў складзе Вялікага Княства ЛітоўскагаЛюблінская унія 1569 г."The Early Stages of Independence"Zapomniane prawdy25 гадоў таму было аб'яўлена, што Язэп Пілсудскі — беларус (фота)Наша вадаДакументы ЧАЭС: Забруджванне тэрыторыі Беларусі « ЧАЭС Зона адчужэнняСведения о политических партиях, зарегистрированных в Республике Беларусь // Министерство юстиции Республики БеларусьСтатыстычны бюлетэнь „Полаўзроставая структура насельніцтва Рэспублікі Беларусь на 1 студзеня 2012 года і сярэднегадовая колькасць насельніцтва за 2011 год“Индекс человеческого развития Беларуси — не было бы нижеБеларусь занимает первое место в СНГ по индексу развития с учетом гендерного факцёраНацыянальны статыстычны камітэт Рэспублікі БеларусьКанстытуцыя РБ. Артыкул 17Трансфармацыйныя задачы БеларусіВыйсце з крызісу — далейшае рэфармаванне Беларускі рубель — сусветны лідар па дэвальвацыяхПра змену коштаў у кастрычніку 2011 г.Бядней за беларусаў у СНД толькі таджыкіСярэдні заробак у верасні дасягнуў 2,26 мільёна рублёўЭканомікаГаласуем за ТОП-100 беларускай прозыСучасныя беларускія мастакіАрхитектура Беларуси BELARUS.BYА. Каханоўскі. Культура Беларусі ўсярэдзіне XVII—XVIII ст.Анталогія беларускай народнай песні, гуказапісы спеваўБеларускія Музычныя IнструментыБеларускі рок, які мы страцілі. Топ-10 гуртоў«Мясцовы час» — нязгаслая легенда беларускай рок-музыкіСЯРГЕЙ БУДКІН. МЫ НЯ ЗНАЕМ СВАЁЙ МУЗЫКІМ. А. Каладзінскі. НАРОДНЫ ТЭАТРМагнацкія культурныя цэнтрыПублічная дыскусія «Беларуская новая пьеса: без беларускай мовы ці беларуская?»Беларускія драматургі па-ранейшаму лепш ставяцца за мяжой, чым на радзіме«Працэс незалежнага кіно пайшоў, і дзяржаву турбуе яго непадкантрольнасць»Беларускія філосафы ў пошуках прасторыВсе идём в библиотекуАрхіваванаАб Нацыянальнай праграме даследавання і выкарыстання касмічнай прасторы ў мірных мэтах на 2008—2012 гадыУ космас — разам.У суседнім з Барысаўскім раёне пабудуюць Камандна-вымяральны пунктСвяты і абрады беларусаў«Мірныя бульбашы з малой краіны» — 5 непраўдзівых стэрэатыпаў пра БеларусьМ. Раманюк. Беларускае народнае адзеннеУ Беларусі скарачаецца колькасць злачынстваўЛукашэнка незадаволены мінскімі ўладамі Крадзяжы складаюць у Мінску каля 70% злачынстваў Узровень злачыннасці ў Мінскай вобласці — адзін з самых высокіх у краіне Генпракуратура аналізуе стан са злачыннасцю ў Беларусі па каэфіцыенце злачыннасці У Беларусі стабілізавалася крымінагеннае становішча, лічыць генпракурорЗамежнікі сталі здзяйсняць у Беларусі больш злачынстваўМУС Беларусі турбуе рост рэцыдыўнай злачыннасціЯ з ЖЭСа. Дазволіце вас абкрасці! Рэйтынг усіх службаў і падраздзяленняў ГУУС Мінгарвыканкама вырасАб КДБ РБГісторыя Аператыўна-аналітычнага цэнтра РБГісторыя ДКФРТаможняagentura.ruБеларусьBelarus.by — Афіцыйны сайт Рэспублікі БеларусьСайт урада БеларусіRadzima.org — Збор архітэктурных помнікаў, гісторыя Беларусі«Глобус Беларуси»Гербы и флаги БеларусиАсаблівасці каменнага веку на БеларусіА. Калечыц, У. Ксяндзоў. Старажытны каменны век (палеаліт). Першапачатковае засяленне тэрыторыіУ. Ксяндзоў. Сярэдні каменны век (мезаліт). Засяленне краю плямёнамі паляўнічых, рыбакоў і збіральнікаўА. Калечыц, М. Чарняўскі. Плямёны на тэрыторыі Беларусі ў новым каменным веку (неаліце)А. Калечыц, У. Ксяндзоў, М. Чарняўскі. Гаспадарчыя заняткі ў каменным векуЭ. Зайкоўскі. Духоўная культура ў каменным векуАсаблівасці бронзавага веку на БеларусіФарміраванне супольнасцей ранняга перыяду бронзавага векуФотографии БеларусиРоля беларускіх зямель ва ўтварэнні і ўмацаванні ВКЛВ. Фадзеева. З гісторыі развіцця беларускай народнай вышыўкіDMOZGran catalanaБольшая российскаяBritannica (анлайн)Швейцарскі гістарычны15325917611952699xDA123282154079143-90000 0001 2171 2080n9112870100577502ge128882171858027501086026362074122714179пппппп

            Герб Смалявічаў Апісанне | Спасылкі | НавігацыяГерб города Смолевичип