K Nearest Neighbour with different distance matrix to each datapoint Announcing the arrival of Valued Associate #679: Cesar Manara Planned maintenance scheduled April 23, 2019 at 23:30 UTC (7:30pm US/Eastern) 2019 Moderator Election Q&A - Questionnaire 2019 Community Moderator Election ResultsWeighted k nearest neighbor searchName of this algorithm for supervised cluster assignmentAgglomerative Hierarchial Clustering in python using DTW distancek-Nearest Neighbours with time series data - how to obtain whole-time-period estimatorsHow to get nearest 5 points mean with Nearest Neighbours?How can I apply PCA to KNN?1 - Nearest Neighbor , dealing with same distanceIs there any way of ordering/sorting vectors?How can I implement tangent distance for k-nearest neighbor in python/scikit-learn?Fast way of computing covariance matrix of nonstationary kernel in Python

How often does castling occur in grandmaster games?

Can the Flaming Sphere spell be rammed into multiple Tiny creatures that are in the same 5-foot square?

AppleTVs create a chatty alternate WiFi network

Project Euler #1 in C++

The Nth Gryphon Number

macOS: Name for app shortcut screen found by pinching with thumb and three fingers

Would it be easier to apply for a UK visa if there is a host family to sponsor for you in going there?

Is the IBM 5153 color display compatible with the Tandy 1000 16 color modes?

Why weren't discrete x86 CPUs ever used in game hardware?

How to compare two different files line by line in unix?

How to identify unknown coordinate type and convert to lat/lon?

If Windows 7 doesn't support WSL, then what is "Subsystem for UNIX-based Applications"?

How many time has Arya actually used Needle?

A letter with no particular backstory

What to do with repeated rejections for phd position

How many morphisms from 1 to 1+1 can there be?

Did Mueller's report provide an evidentiary basis for the claim of Russian govt election interference via social media?

In musical terms, what properties are varied by the human voice to produce different words / syllables?

preposition before coffee

Why can't I install Tomboy in Ubuntu Mate 19.04?

How did Fremen produce and carry enough thumpers to use Sandworms as de facto Ubers?

Why is it faster to reheat something than it is to cook it?

What does it mean that physics no longer uses mechanical models to describe phenomena?

Semigroups with no morphisms between them



K Nearest Neighbour with different distance matrix to each datapoint



Announcing the arrival of Valued Associate #679: Cesar Manara
Planned maintenance scheduled April 23, 2019 at 23:30 UTC (7:30pm US/Eastern)
2019 Moderator Election Q&A - Questionnaire
2019 Community Moderator Election ResultsWeighted k nearest neighbor searchName of this algorithm for supervised cluster assignmentAgglomerative Hierarchial Clustering in python using DTW distancek-Nearest Neighbours with time series data - how to obtain whole-time-period estimatorsHow to get nearest 5 points mean with Nearest Neighbours?How can I apply PCA to KNN?1 - Nearest Neighbor , dealing with same distanceIs there any way of ordering/sorting vectors?How can I implement tangent distance for k-nearest neighbor in python/scikit-learn?Fast way of computing covariance matrix of nonstationary kernel in Python










0












$begingroup$


I'm wondering if there is library support in python (such as sklearn) for doing KNN on a data set that has a custom distance matrix (positive definite) for each data point (x is a query point, $x_i$ is a data set point):
$$
d(x,x_i) = (x-x_i)^TQ_i(x-x_i)
$$



I know that for a fixed positive definite matrix for all data points, this is a metric that I can transform into
$$
Q = A^TA

d(x,x_i) = (Ax - Ax_i)^T(Ax - Ax_i)
$$

Which I can compute via normal KNN by first transforming the input space via multiplying $A$.



My problem of having a separate matrix for each data point came up because I have a covariance around the neighbourhood of each point. KNN can then be interpreted as what are the most likely neighbourhoods this query point lies in. If a neighbourhood doesn't vary along a dimension then we should penalize difference along that dimension highly in terms of increasing distance.










share|improve this question







New contributor




LemonPi is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
Check out our Code of Conduct.







$endgroup$
















    0












    $begingroup$


    I'm wondering if there is library support in python (such as sklearn) for doing KNN on a data set that has a custom distance matrix (positive definite) for each data point (x is a query point, $x_i$ is a data set point):
    $$
    d(x,x_i) = (x-x_i)^TQ_i(x-x_i)
    $$



    I know that for a fixed positive definite matrix for all data points, this is a metric that I can transform into
    $$
    Q = A^TA

    d(x,x_i) = (Ax - Ax_i)^T(Ax - Ax_i)
    $$

    Which I can compute via normal KNN by first transforming the input space via multiplying $A$.



    My problem of having a separate matrix for each data point came up because I have a covariance around the neighbourhood of each point. KNN can then be interpreted as what are the most likely neighbourhoods this query point lies in. If a neighbourhood doesn't vary along a dimension then we should penalize difference along that dimension highly in terms of increasing distance.










    share|improve this question







    New contributor




    LemonPi is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
    Check out our Code of Conduct.







    $endgroup$














      0












      0








      0





      $begingroup$


      I'm wondering if there is library support in python (such as sklearn) for doing KNN on a data set that has a custom distance matrix (positive definite) for each data point (x is a query point, $x_i$ is a data set point):
      $$
      d(x,x_i) = (x-x_i)^TQ_i(x-x_i)
      $$



      I know that for a fixed positive definite matrix for all data points, this is a metric that I can transform into
      $$
      Q = A^TA

      d(x,x_i) = (Ax - Ax_i)^T(Ax - Ax_i)
      $$

      Which I can compute via normal KNN by first transforming the input space via multiplying $A$.



      My problem of having a separate matrix for each data point came up because I have a covariance around the neighbourhood of each point. KNN can then be interpreted as what are the most likely neighbourhoods this query point lies in. If a neighbourhood doesn't vary along a dimension then we should penalize difference along that dimension highly in terms of increasing distance.










      share|improve this question







      New contributor




      LemonPi is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
      Check out our Code of Conduct.







      $endgroup$




      I'm wondering if there is library support in python (such as sklearn) for doing KNN on a data set that has a custom distance matrix (positive definite) for each data point (x is a query point, $x_i$ is a data set point):
      $$
      d(x,x_i) = (x-x_i)^TQ_i(x-x_i)
      $$



      I know that for a fixed positive definite matrix for all data points, this is a metric that I can transform into
      $$
      Q = A^TA

      d(x,x_i) = (Ax - Ax_i)^T(Ax - Ax_i)
      $$

      Which I can compute via normal KNN by first transforming the input space via multiplying $A$.



      My problem of having a separate matrix for each data point came up because I have a covariance around the neighbourhood of each point. KNN can then be interpreted as what are the most likely neighbourhoods this query point lies in. If a neighbourhood doesn't vary along a dimension then we should penalize difference along that dimension highly in terms of increasing distance.







      machine-learning scikit-learn distance k-nn






      share|improve this question







      New contributor




      LemonPi is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
      Check out our Code of Conduct.











      share|improve this question







      New contributor




      LemonPi is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
      Check out our Code of Conduct.









      share|improve this question




      share|improve this question






      New contributor




      LemonPi is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
      Check out our Code of Conduct.









      asked 16 mins ago









      LemonPiLemonPi

      101




      101




      New contributor




      LemonPi is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
      Check out our Code of Conduct.





      New contributor





      LemonPi is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
      Check out our Code of Conduct.






      LemonPi is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
      Check out our Code of Conduct.




















          0






          active

          oldest

          votes












          Your Answer








          StackExchange.ready(function()
          var channelOptions =
          tags: "".split(" "),
          id: "557"
          ;
          initTagRenderer("".split(" "), "".split(" "), channelOptions);

          StackExchange.using("externalEditor", function()
          // Have to fire editor after snippets, if snippets enabled
          if (StackExchange.settings.snippets.snippetsEnabled)
          StackExchange.using("snippets", function()
          createEditor();
          );

          else
          createEditor();

          );

          function createEditor()
          StackExchange.prepareEditor(
          heartbeatType: 'answer',
          autoActivateHeartbeat: false,
          convertImagesToLinks: false,
          noModals: true,
          showLowRepImageUploadWarning: true,
          reputationToPostImages: null,
          bindNavPrevention: true,
          postfix: "",
          imageUploader:
          brandingHtml: "Powered by u003ca class="icon-imgur-white" href="https://imgur.com/"u003eu003c/au003e",
          contentPolicyHtml: "User contributions licensed under u003ca href="https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/"u003ecc by-sa 3.0 with attribution requiredu003c/au003e u003ca href="https://stackoverflow.com/legal/content-policy"u003e(content policy)u003c/au003e",
          allowUrls: true
          ,
          onDemand: true,
          discardSelector: ".discard-answer"
          ,immediatelyShowMarkdownHelp:true
          );



          );






          LemonPi is a new contributor. Be nice, and check out our Code of Conduct.









          draft saved

          draft discarded


















          StackExchange.ready(
          function ()
          StackExchange.openid.initPostLogin('.new-post-login', 'https%3a%2f%2fdatascience.stackexchange.com%2fquestions%2f49620%2fk-nearest-neighbour-with-different-distance-matrix-to-each-datapoint%23new-answer', 'question_page');

          );

          Post as a guest















          Required, but never shown

























          0






          active

          oldest

          votes








          0






          active

          oldest

          votes









          active

          oldest

          votes






          active

          oldest

          votes








          LemonPi is a new contributor. Be nice, and check out our Code of Conduct.









          draft saved

          draft discarded


















          LemonPi is a new contributor. Be nice, and check out our Code of Conduct.












          LemonPi is a new contributor. Be nice, and check out our Code of Conduct.











          LemonPi is a new contributor. Be nice, and check out our Code of Conduct.














          Thanks for contributing an answer to Data Science Stack Exchange!


          • Please be sure to answer the question. Provide details and share your research!

          But avoid


          • Asking for help, clarification, or responding to other answers.

          • Making statements based on opinion; back them up with references or personal experience.

          Use MathJax to format equations. MathJax reference.


          To learn more, see our tips on writing great answers.




          draft saved


          draft discarded














          StackExchange.ready(
          function ()
          StackExchange.openid.initPostLogin('.new-post-login', 'https%3a%2f%2fdatascience.stackexchange.com%2fquestions%2f49620%2fk-nearest-neighbour-with-different-distance-matrix-to-each-datapoint%23new-answer', 'question_page');

          );

          Post as a guest















          Required, but never shown





















































          Required, but never shown














          Required, but never shown












          Required, but never shown







          Required, but never shown

































          Required, but never shown














          Required, but never shown












          Required, but never shown







          Required, but never shown







          Popular posts from this blog

          Францішак Багушэвіч Змест Сям'я | Біяграфія | Творчасць | Мова Багушэвіча | Ацэнкі дзейнасці | Цікавыя факты | Спадчына | Выбраная бібліяграфія | Ушанаванне памяці | У філатэліі | Зноскі | Літаратура | Спасылкі | НавігацыяЛяхоўскі У. Рупіўся дзеля Бога і людзей: Жыццёвы шлях Лявона Вітан-Дубейкаўскага // Вольскі і Памідораў з песняй пра немца Адвакат, паэт, народны заступнік Ашмянскі веснікВ Минске появится площадь Богушевича и улица Сырокомли, Белорусская деловая газета, 19 июля 2001 г.Айцец беларускай нацыянальнай ідэі паўстаў у бронзе Сяргей Аляксандравіч Адашкевіч (1918, Мінск). 80-я гады. Бюст «Францішак Багушэвіч».Яўген Мікалаевіч Ціхановіч. «Партрэт Францішка Багушэвіча»Мікола Мікалаевіч Купава. «Партрэт зачынальніка новай беларускай літаратуры Францішка Багушэвіча»Уладзімір Іванавіч Мелехаў. На помніку «Змагарам за родную мову» Барэльеф «Францішак Багушэвіч»Памяць пра Багушэвіча на Віленшчыне Страчаная сталіца. Беларускія шыльды на вуліцах Вільні«Krynica». Ideologia i przywódcy białoruskiego katolicyzmuФранцішак БагушэвічТворы на knihi.comТворы Францішка Багушэвіча на bellib.byСодаль Уладзімір. Францішак Багушэвіч на Лідчыне;Луцкевіч Антон. Жыцьцё і творчасьць Фр. Багушэвіча ў успамінах ягоных сучасьнікаў // Запісы Беларускага Навуковага таварыства. Вільня, 1938. Сшытак 1. С. 16-34.Большая российская1188761710000 0000 5537 633Xn9209310021619551927869394п

          Беларусь Змест Назва Гісторыя Геаграфія Сімволіка Дзяржаўны лад Палітычныя партыі Міжнароднае становішча і знешняя палітыка Адміністрацыйны падзел Насельніцтва Эканоміка Культура і грамадства Сацыяльная сфера Узброеныя сілы Заўвагі Літаратура Спасылкі НавігацыяHGЯOiТоп-2011 г. (па версіі ej.by)Топ-2013 г. (па версіі ej.by)Топ-2016 г. (па версіі ej.by)Топ-2017 г. (па версіі ej.by)Нацыянальны статыстычны камітэт Рэспублікі БеларусьШчыльнасць насельніцтва па краінахhttp://naviny.by/rubrics/society/2011/09/16/ic_articles_116_175144/А. Калечыц, У. Ксяндзоў. Спробы засялення краю неандэртальскім чалавекам.І ў Менску былі мамантыА. Калечыц, У. Ксяндзоў. Старажытны каменны век (палеаліт). Першапачатковае засяленне тэрыторыіГ. Штыхаў. Балты і славяне ў VI—VIII стст.М. Клімаў. Полацкае княства ў IX—XI стст.Г. Штыхаў, В. Ляўко. Палітычная гісторыя Полацкай зямліГ. Штыхаў. Дзяржаўны лад у землях-княствахГ. Штыхаў. Дзяржаўны лад у землях-княствахБеларускія землі ў складзе Вялікага Княства ЛітоўскагаЛюблінская унія 1569 г."The Early Stages of Independence"Zapomniane prawdy25 гадоў таму было аб'яўлена, што Язэп Пілсудскі — беларус (фота)Наша вадаДакументы ЧАЭС: Забруджванне тэрыторыі Беларусі « ЧАЭС Зона адчужэнняСведения о политических партиях, зарегистрированных в Республике Беларусь // Министерство юстиции Республики БеларусьСтатыстычны бюлетэнь „Полаўзроставая структура насельніцтва Рэспублікі Беларусь на 1 студзеня 2012 года і сярэднегадовая колькасць насельніцтва за 2011 год“Индекс человеческого развития Беларуси — не было бы нижеБеларусь занимает первое место в СНГ по индексу развития с учетом гендерного факцёраНацыянальны статыстычны камітэт Рэспублікі БеларусьКанстытуцыя РБ. Артыкул 17Трансфармацыйныя задачы БеларусіВыйсце з крызісу — далейшае рэфармаванне Беларускі рубель — сусветны лідар па дэвальвацыяхПра змену коштаў у кастрычніку 2011 г.Бядней за беларусаў у СНД толькі таджыкіСярэдні заробак у верасні дасягнуў 2,26 мільёна рублёўЭканомікаГаласуем за ТОП-100 беларускай прозыСучасныя беларускія мастакіАрхитектура Беларуси BELARUS.BYА. Каханоўскі. Культура Беларусі ўсярэдзіне XVII—XVIII ст.Анталогія беларускай народнай песні, гуказапісы спеваўБеларускія Музычныя IнструментыБеларускі рок, які мы страцілі. Топ-10 гуртоў«Мясцовы час» — нязгаслая легенда беларускай рок-музыкіСЯРГЕЙ БУДКІН. МЫ НЯ ЗНАЕМ СВАЁЙ МУЗЫКІМ. А. Каладзінскі. НАРОДНЫ ТЭАТРМагнацкія культурныя цэнтрыПублічная дыскусія «Беларуская новая пьеса: без беларускай мовы ці беларуская?»Беларускія драматургі па-ранейшаму лепш ставяцца за мяжой, чым на радзіме«Працэс незалежнага кіно пайшоў, і дзяржаву турбуе яго непадкантрольнасць»Беларускія філосафы ў пошуках прасторыВсе идём в библиотекуАрхіваванаАб Нацыянальнай праграме даследавання і выкарыстання касмічнай прасторы ў мірных мэтах на 2008—2012 гадыУ космас — разам.У суседнім з Барысаўскім раёне пабудуюць Камандна-вымяральны пунктСвяты і абрады беларусаў«Мірныя бульбашы з малой краіны» — 5 непраўдзівых стэрэатыпаў пра БеларусьМ. Раманюк. Беларускае народнае адзеннеУ Беларусі скарачаецца колькасць злачынстваўЛукашэнка незадаволены мінскімі ўладамі Крадзяжы складаюць у Мінску каля 70% злачынстваў Узровень злачыннасці ў Мінскай вобласці — адзін з самых высокіх у краіне Генпракуратура аналізуе стан са злачыннасцю ў Беларусі па каэфіцыенце злачыннасці У Беларусі стабілізавалася крымінагеннае становішча, лічыць генпракурорЗамежнікі сталі здзяйсняць у Беларусі больш злачынстваўМУС Беларусі турбуе рост рэцыдыўнай злачыннасціЯ з ЖЭСа. Дазволіце вас абкрасці! Рэйтынг усіх службаў і падраздзяленняў ГУУС Мінгарвыканкама вырасАб КДБ РБГісторыя Аператыўна-аналітычнага цэнтра РБГісторыя ДКФРТаможняagentura.ruБеларусьBelarus.by — Афіцыйны сайт Рэспублікі БеларусьСайт урада БеларусіRadzima.org — Збор архітэктурных помнікаў, гісторыя Беларусі«Глобус Беларуси»Гербы и флаги БеларусиАсаблівасці каменнага веку на БеларусіА. Калечыц, У. Ксяндзоў. Старажытны каменны век (палеаліт). Першапачатковае засяленне тэрыторыіУ. Ксяндзоў. Сярэдні каменны век (мезаліт). Засяленне краю плямёнамі паляўнічых, рыбакоў і збіральнікаўА. Калечыц, М. Чарняўскі. Плямёны на тэрыторыі Беларусі ў новым каменным веку (неаліце)А. Калечыц, У. Ксяндзоў, М. Чарняўскі. Гаспадарчыя заняткі ў каменным векуЭ. Зайкоўскі. Духоўная культура ў каменным векуАсаблівасці бронзавага веку на БеларусіФарміраванне супольнасцей ранняга перыяду бронзавага векуФотографии БеларусиРоля беларускіх зямель ва ўтварэнні і ўмацаванні ВКЛВ. Фадзеева. З гісторыі развіцця беларускай народнай вышыўкіDMOZGran catalanaБольшая российскаяBritannica (анлайн)Швейцарскі гістарычны15325917611952699xDA123282154079143-90000 0001 2171 2080n9112870100577502ge128882171858027501086026362074122714179пппппп

          ValueError: Expected n_neighbors <= n_samples, but n_samples = 1, n_neighbors = 6 (SMOTE) The 2019 Stack Overflow Developer Survey Results Are InCan SMOTE be applied over sequence of words (sentences)?ValueError when doing validation with random forestsSMOTE and multi class oversamplingLogic behind SMOTE-NC?ValueError: Error when checking target: expected dense_1 to have shape (7,) but got array with shape (1,)SmoteBoost: Should SMOTE be ran individually for each iteration/tree in the boosting?solving multi-class imbalance classification using smote and OSSUsing SMOTE for Synthetic Data generation to improve performance on unbalanced dataproblem of entry format for a simple model in KerasSVM SMOTE fit_resample() function runs forever with no result